A taxonomia tem sua origem em uma palavra grega que significa "ordenação". É a ciência da classificação aplicada à biologia para a ordenação sistemática e hierárquica de grupos de animais e plantas.
Especificamente, podemos determinar que a taxonomia se divide em duas: microtaxonomia, que é responsável por delimitar e descrever certas espécies; e macro-taxonomia, que é aquela que se classifica com base nos critérios concedidos pelo ramo anterior.
Também é importante estabelecer que a taxonomia está intimamente relacionada ao que é conhecido pelo nome de sistemática. Pode ser definida como a ciência responsável por realizar o estudo das relações de parentesco, também chamadas de afinidades, que ocorrem entre diferentes espécies.
Tudo isso sem deixar de lado o vínculo estreito que existe entre a taxonomia e outras ciências ou questões como evolução, paleontologia, genética, biologia molecular, filogenia ou embriologia.
A taxonomia biológica faz parte da biologia sistemática, dedicada à análise das relações entre os organismos. Uma vez que a árvore filogenética do organismo em questão é resolvida e seus ramos evolutivos são conhecidos, a taxonomia é responsável por estudar as relações de parentesco.
Além de tudo isso, deve-se ressaltar que, ao se trabalhar com a taxonomia, desenvolvê-la e colocá-la em prática, é imprescindível ter clareza sobre os diferentes conceitos que nela são fundamentais. Este seria o caso do seguinte:
Personagem, que passa a se referir às características da planta, por exemplo.
Status do personagem, ou seja, os valores que o personagem pode adquirir.
Caracteres diagnósticos são aqueles que são claramente usados para discriminar táxons.
Personagens derivados. São identificados porque são de tipo dinâmico e podem fornecer informações sobre o surgimento de novas linhagens. Tudo isso pode ser feito por aqueles graças ao fato de serem os estados que um personagem pode ter de forma diferente de seu ancestral, pois são modificados.
Existem diferentes posições em relação à taxonomia, embora geralmente seja considerado que sua função começa quando a filogenia dos taxa já está definida. É por isso que a taxonomia organiza a árvore filogenética dentro de um sistema de classificação.
A visão mais difundida entende táxons como clados (ramos da árvore filogenética, com espécies relacionadas por um ancestral comum) que já foram atribuídos a uma categoria taxonômica.
O processo de taxonomia continua com a atribuição de nomes (de acordo com os princípios da nomenclatura), a elaboração de chaves dicotômicas de identificação e a criação de sistemas de classificação.
Os táxons permitem que os seres vivos sejam classificados com base em uma hierarquia de inclusão (cada grupo inclui outros menores, embora seja subordinado a um maior). As categorias fundamentais, das mais abrangentes às menos abrangentes, são o domínio, o reino, o limite ou divisão, a classe, a ordem, a família, o gênero e a espécie.
Deve-se notar que os avanços no conhecimento dos problemas de DNA e biodiversidade representam grandes desafios para a taxonomia.